吉林延边国家农业科技园区的总体布局分为核心区、示范区和辐射区三个层次。
总体布局的原则是：核心区选址区位优势明显、带动能力强、产业基础好，且占地面积适宜，能够满足今后现代农业产业体系发展需要。在此基础上争取打造“政区合一、产城融合”的核心区。示范区选址覆盖范围宜尽量多，以便让全州更多县市共享建设国家农业科技园区的优惠政策和发展成果。辐射区选址涉及区域宜尽量广，以便引领和带动更多地区加快提升农业科技水平。吉林延边国家农业科技园区总体布局参见图。
吉林延边国家农业科技园区总体布局规划
核心区。选址于延边州龙井市境内，包括龙井市东盛涌镇的全部镇域（含原延边省级农业科技园区核心园——即龙井工业集中区，以及延边州农科院、延边大学农学院旧址、华龙集团所占区域），智新镇的龙丰村、龙明村、光新村、龙江村、龙池村、工农村、新安村7个村域，核心区总面积300平方公里。
示范区。选址于延边州除核心区范围以外的全部州域，包括龙井市的部分区域，延吉市、图们市、和龙市、敦化市、珲春市、汪清县、安图县的全部区域，示范区总面积42400平方公里。
辐射区。选址于延边州的周边地区，包括牡丹江市、吉林市、白山市等国内附近地区以及俄罗斯、朝鲜等国外附近地区。
三个层次的关系：核心区是农业科技园区的龙头，在科技创新、企业孵化、技术服务、产业带动等方面发挥重要的引领和引导作用；示范区是农业科技园区的重要阵地，在科技示范、技术应用、生产发展、产业壮大等方面发挥重要的示范和带动作用；辐射区是农业科技园区的影响范围，主要承接核心区、示范区农业科技发展的影响、辐射和带动。三个层次之间通过技术扩散、技术服务等科技对接，链条延伸、品牌共享等产业对接，以及订单农业、合作发展等模式对接，实现三个层次之间的相互联系、梯次推进、整体提升，有效带动吉林延边州及其周边区域现代农业的转型跨越发展。
